Wicri:SrasV1
De Wicri Santé
Révision datée du 27 mars 2021 à 22:10 par Jacques Ducloy (discussion | contributions) (→Transfert vers la machine LorExplor)
Cette page introduit les aspects techniques de la version SrasV1 du « Serveur d'exploration SRAS ».
Voir aussi :
- Wicri:SrasV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:SrasV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:SrasV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:SrasV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:SrasV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Sommaire
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
IstexGenerAreaPages \
-a SrasV1 \
-m \
-g Sras \
-x 1 \
-p Sante \
-w wicri-sante.fr \
-W Sante \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-s Hal \
-s PascalFrancis \
-z France \
-z 2020 \
-z Psycho \
-q "sars AND virus" \
-t "Serveur d'exploration SRAS"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Sras.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Sur la machine LorExplor
newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Sras.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/Sras.storage
mkdir SrasV1.corpus
mkdir SrasV1.corpus/Import
mkdir SrasV1.20200421
ln -s SrasV1.20200421 SrasV1
ln -s SrasV1.20200421 SrasV1.new
Construction du Repository ISTEX
cd SrasV1.corpus/Import
En cas de reprise au niveau du téléchargement
cd SrasV1.corpus/Import
rm -rf Import/IstexRepository.h*
IstexGetCorpus -q "sars AND virus AND epidem*" -s 4000 -l \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh Import/IstexRepository
Vérification
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc
Préparation au transfert
tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar
Retour vers la machine de développement
Transfert par scp
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1.corpus/Import.tar.gz .
gunzip Import.tar.gz
tar -xvf Import.tar
Construction des métadonnées ISTEX
- ISTEX, création du HFD Corpus Biblio
- En cas de reprise:
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*
- Construction corpus biblio
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd \
| SgmlFast -c1 \
| IstexToTei \
| IstexCleanFullText \
| TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
| HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata
Téléchargement des autres corpus
- PubMed
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Requête :
"SARS" AND virus
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
- PubMed Central
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Requête :
(((("SARS"[Title]) OR "SRAS"[Title]) OR "SARS"[Abstract])) AND epidemi*
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml
- PascalFrancis
Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/
Requête :
( sras OU sars) ET virus
Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt
- Hal
Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/
Génération des FTP
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar
rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar
Transfert vers la machine LorExplor
scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1.new
scp $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1.new
scp $ISTEX_PAR ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Sras.storage/SrasV1.new
Sur la machine cible
- Installation
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar
gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
gunzip ImportMetadata.tar.gz
tar -xvf ImportMetadata.tar
gzip ImportMetadata.tar
cd Data/Istex/Corpus
rm biblio.hcs
rm biblio.hfd
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd