Wicri:TocilizumabV1

Covid et épidémies grippales / Serveurs / Serveur d'exploration Tocilizumab

Cette page introduit les aspects techniques de la version TocilizumabV1 du « Serveur d'exploration Tocilizumab ».

Voir aussi :

• Wicri:TocilizumabV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:TocilizumabV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:TocilizumabV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
• Wicri:TocilizumabV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:TocilizumabV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

 IstexGenerAreaPages \
       -a TocilizumabV1   \
       -m   \
       -g Tocilizumab  \
         -x  1 \
       -p Sante   \
       -w wicri-sante.fr  \
       -W Sante   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -s Hal   \
       -s PascalFrancis   \
       -z France   \
       -z 2020   \
       -q "tocilizumab"   \
       -t "Serveur d'exploration Tocilizumab"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Sur la machine LorExplor

newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage
mkdir TocilizumabV1.corpus
mkdir TocilizumabV1.corpus/Import
mkdir TocilizumabV1.20200502
ln -s TocilizumabV1.20200502 TocilizumabV1
ln -s TocilizumabV1.20200502 TocilizumabV1.new

Construction du Repository ISTEX

cd TocilizumabV1.corpus/Import

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "tocilizumab" -s 2500    -l          \
     | IstexGetCorpusById -A  \
     | SxmlUnIndent                           \
     | HfdBuild -bh   Import/IstexRepository

Vérification

HfdCat  Import/IstexRepository.hfd | wc

Préparation au transfert

tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar

Retour vers la machine de développement

Transfert par scp

scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1.corpus/Import.tar.gz .
gunzip Import.tar.gz
tar -xvf Import.tar

Construction des métadonnées ISTEX

ISTEX, création du HFD Corpus Biblio

En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus  -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

 tocilizumab

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Requête :

((tocilizumab AND france)) OR (tocilizumab AND "last 1 years"[PDat]) 

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml

PascalFrancis

Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :

 tocilizumab

Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt 

Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt 

Hal

 tocilizumab

Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1.new
scp $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1.new
scp $ISTEX_PAR ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Tocilizumab.storage/TocilizumabV1.new

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

Installation

gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd