Wicri:ParkinsonV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version ParkinsonV1 du « Serveur d'exploration sur la maladie de Parkinson ».

Voir aussi :

• Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
• Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "Parkinson AND disease"
 IstexGenerAreaPages \
       -a ParkinsonV1   \
       -m   \
       -g Parkinson   \
       -p Wicri/Sante   \
       -w wicri-sante.fr  \
       -W Wicri/Sante  \
       -z France   \
       -z USA   \
       -z Allemagne   \
       -t "Serveur d'exploration sur la maladie de Parkinson"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/explor/Parkinson.storage/ParkinsonV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Sante/explor/Parkinson.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Récupération du corpus

Ce repository contient les documents en texte intégral. Il doit rester sur la machine de développement (ou être limité en lecture sur un site accessible par internet).

ISTEX

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "Parkinson AND disease" -s 5000 -A \
     | IstexToSxml     \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

Construction du référentiel de métadonnées

En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Main/Corpus \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Génération de la plateforme

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh

ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk

Importation des paramètres de navigation

WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:ParkinsonV1/Paramètres, fr"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki

Génération de l'interface 

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Parkinson.storage/ParkinsonV1
scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Parkinson.storage/ParkinsonV1
scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Parkinson.storage/ParkinsonV1

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/Parkinson.storage/ParkinsonV1.20160415

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/Parkinson.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de ParkinsonV1 (émetteur) vers ParkinsonV1 (cible).

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Main/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd