Discussion:Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne/Version 3 : Différence entre versions
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imported>Jacques Ducloy (Page créée avec « ==Génération des cartes== <source lang="sh"> EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/GrippeAllemagneV2 export EXPLOR_AREA export LC_ALL='C' </... ») |
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− | EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT | + | NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 \ |
+ | -d GrippeAllemagneV3 \ | ||
+ | -t "Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne" | ||
+ | tar -cvf GrippeAllemagneV3.tar GrippeAllemagneV3 | ||
+ | gzip GrippeAllemagneV3.tar | ||
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+ | scp GrippeAllemagneV3.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | ||
+ | </source> | ||
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+ | ;Sur la machine lorexplor: | ||
+ | <source lang="sh"> | ||
+ | gunzip GrippeAllemagneV3.tar.gz | ||
+ | tar -xvf GrippeAllemagneV3.tar | ||
+ | gzip GrippeAllemagneV3.tar | ||
+ | </source> | ||
+ | ===Génération des cartes=== | ||
+ | <source lang="sh"> | ||
+ | EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/GrippeAllemagneV3 | ||
export EXPLOR_AREA | export EXPLOR_AREA | ||
export LC_ALL='C' | export LC_ALL='C' | ||
+ | </source> | ||
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+ | <source lang="sh" "> | ||
+ | MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
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+ | HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \ | ||
+ | | SxmlCut idx/l \ | ||
+ | | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationLandsAllemagne.dict \ | ||
+ | -m Allemagne -f "Germany location map.svg" -s 650 \ | ||
+ | -a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne Lands" \ | ||
+ | -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | ||
+ | >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
+ | |||
+ | HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \ | ||
+ | | SxmlCut idx/l \ | ||
+ | | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationRegionAllemagneNuts2.dict \ | ||
+ | -m Allemagne -f "Germany (+districts) location map.svg" -s 650 \ | ||
+ | -a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne NUTS2" \ | ||
+ | -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | ||
+ | >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
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+ | MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
</source> | </source> |
Version actuelle datée du 10 août 2020 à 18:04
Génération
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 \
-d GrippeAllemagneV3 \
-t "Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne"
tar -cvf GrippeAllemagneV3.tar GrippeAllemagneV3
gzip GrippeAllemagneV3.tar
scp GrippeAllemagneV3.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV3.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV3.tar
gzip GrippeAllemagneV3.tar
Génération des cartes
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/GrippeAllemagneV3
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationLandsAllemagne.dict \
-m Allemagne -f "Germany location map.svg" -s 650 \
-a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne Lands" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationRegionAllemagneNuts2.dict \
-m Allemagne -f "Germany (+districts) location map.svg" -s 650 \
-a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne NUTS2" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml