Serveur d'exploration Covid : Différence entre versions
De Wicri Santé
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(→Voir aussi) |
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− | {{Wicri avertissement | + | {{Covid/En-tête|serveur=CovidV1}} |
− | [[Catégorie:Serveur d'exploration]] | + | {{Wicri avertissement |
+ | |texte=Ce serveur est un outil de travail destiné aux spécialistes pour les aider à élaborer des résultats synthétiques. La navigation efficace dans cette bibliographie demande une solide formation. | ||
+ | |||
+ | Il repose sur des traitements statistiques relativement simples. Les données accessibles par cette navigation n'ont subi aucune vérification. | ||
+ | |||
+ | Il est ouvert au public pour montrer quels sont les outils sur lesquels travaillent les spécialistes. | ||
+ | |||
+ | Merci au public de ne tirer aucune conclusion d'une corrélation... | ||
+ | }} | ||
+ | <!-- | ||
+ | {{Wicri travaux|texte=Pour des raisons de curation, une nouvelle version de ce serveur est en cours de chargement. | ||
+ | |||
+ | Des liens peuvent être perdus (de façon temporaire). | ||
+ | |||
+ | De même les information numériques peuvent être temporairement incohérentes. | ||
+ | }} | ||
+ | --> | ||
+ | |||
+ | {{Wicri point de vue | ||
+ | |titre = Compléments et discussions | ||
+ | |texte = Dans les pages de discussions associées à ce serveur, vous trouverez également des résultats de filtrage sur les points suivants : | ||
+ | * [[Discussion:Serveur d'exploration Covid/Chloroquine|Autour de la chloroquine]] | ||
+ | * [[Discussion:Serveur d'exploration Covid/Lavage bronchoalvéolaire|Lavage bronchoalvéolaire]] | ||
+ | }} | ||
+ | {{Wicri avertissement | ||
+ | |titre=Version actualisée | ||
+ | |texte=Une nouvelle version a été mise en ligne. | ||
+ | |||
+ | Voir [[Serveur d'exploration Covid (26 mars)]]. | ||
+ | |||
+ | Celle ci est conservée pour procéder par comparaisons. | ||
+ | }} | ||
+ | Cette page introduit le « [[Serveur d'exploration Covid]] ». | ||
+ | Il contient [[A pour volumétrie (serveur d'exploration)::{{CovidV1, Explor size|stream=Area|step=Corpus|index=biblio}}]] documents. | ||
+ | ==Navigation== | ||
+ | ===Navigation experte=== | ||
+ | Cette partie permet de naviguer dans l'ensemble du dispositif de curation et d'exploration. Elle est plutôt destinée aux spécialistes. | ||
+ | |||
+ | {{boîte déroulante | ||
+ | |titre=Aide à la navigation | ||
+ | |contenu= | ||
+ | {{{!}}class="wikitable" | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | !icône | ||
+ | !signification | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=exploration|area=CovidV1|wiki=Santé|path=Main/Exploration/index.html|text=Pour aller directement sur le site d'exploration du serveur de la plateforme CovidV1}} | ||
+ | {{!}}Cette icône identifie l'étape qui permet de {{Explor lien | ||
+ | |wiki=Santé | ||
+ | |area=CovidV1 | ||
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+ | |texte=naviguer dans l'ensemble des {{formatnum:2700}} notices bibliographiques issues des différents corpus. | ||
+ | }} | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=Explor|area=CovidV1|wiki=Santé|text=Pour aller sur la page d'introduction du flux principal de confluence}} | ||
+ | {{!}}Cette icône identifie le [[explor:CovidV1/Site/fr/Main/index.html|flux principal (Main)]] d'un serveur d'exploration. Ce flux se compose d'une étape de fusion, suivie d'une de curation pour produire le site d'exploration. Au moment de la rédaction de ce paragraphe, il n'y a pas encore de traitements de curation installés sur ce flux. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=corpus|wiki=Santé|area=CovidV1|path=Pmc/Corpus/index.html|text=Pour aller, à titre d'exemple, sur l'étape Corpus du flux PubMed Central}} | ||
+ | {{!}}Cette icône identifie la première étape d'un flux. Cette étape se limite généralement à un reformatage en TEI. A noter sur cette étape, les index AutAff qui regroupent les graphies de personnes ayant même patronyme et même initiale de prénom (et qui liste les affiliation associées) : | ||
+ | * Voir cet index pour les flux {{Explor lien|url=PascalFrancis/Corpus/indexHead.php?index=AutAff.i|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PascalFrancis}}, {{Explor lien|url=Pmc/Corpus/indexHead.php?index=AutAff.i|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed Central}} | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=merge|wiki=Santé|area=CovidV1|path=Main/Merge/index.html|text=Pour aller, à titre d'exemple, sur l'étape de dédoublonnage du flux principal}} | ||
+ | {{!}}Cette icône indique une étape de confluence. Dans le cas du flux nommé NCBI, il s'agit surtout de dédoublonner les notices Medline correspondant à des articles dans PubMed Central. On peut comparer le nombre de documents dans l'étape {{Explor lien|url=Ncbi/Merge/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=Merge}}, avec la somme des étapes chackpoint des flux {{Explor lien|url=Pmc/Checkpoint/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed Central}} et {{Explor lien|url=PubMed/Checkpoint/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed}}. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|wiki=Santé|type=curation|area=CovidV1|path=PubMed/Curation/index.html|text=Pour aller, par exemple, sur l'étape de curation du flux PubMed}} | ||
+ | {{!}}Cette icône indique une phase de curation. En fait, les actions de curation démarrent sur cette étape pointée par cette icône et se poursuivent sur la suivante. Par exemple, pour le flux ISTEX, comparer par exemple le nombre de villes repérées dans l'étape {{Explor lien|wiki=Santé|url=Istex/Curation/index.html|area=CovidV1|texte=Curation}} et dans {{Explor lien|wiki=Santé|url=Istex/Checkpoint/index.html|area=CovidV1|texte=Checkpoint}}. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=checkpoint|wiki=Santé|area=CovidV1|path=PubMed/Checkpoint/index.html}} | ||
+ | {{!}}Cette icône indique une étape de vérification en fin de traitement d'un flux primaire. En fait, elle permet également une analyse partielle d'une thématique à partir du point de vue privilégié par la source. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=zoom|wiki=Santé|area=CovidV1|path=an2020/index.html}} | ||
+ | {{!}}Cette icône introduit un flux de type Zoom. Ce serveur possède deux zooms : un pour les {{Explor lien|wiki=Santé|url=France/index.html|area=CovidV1|texte=publications ayant au moins un auteur français}} et un autre {{Explor lien|wiki=Santé|url=an2020/index.html|area=CovidV1|texte=pour les publications de 2020}}. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=extraction|wiki=H2PTM|area=HypertextV7|path=Main/Merge/index.html}} | ||
+ | {{!}}Cette icône permet d'atteindre l'étape d'extraction d'un flus Zoom. Sur la page de paramétrage du serveur ([[Wicri:CovidV1/Paramètres, data]]), un paragraphe contient des [[Wicri:CovidV1/Paramètres, data#Les Zooms|exemples de critères (encore élémentaires) de sélection]]. | ||
+ | {{!}}- | ||
+ | {{!}}{{Explor icon link|type=analysis|wiki=Santé|area=CovidV1|path=an2020/Analysis/index.html|text=Pour aller, par exemple, sur l'étape d'analyse du zoom sur la France}} | ||
+ | {{!}}Cette icône permet d'atteindre l'étape finale d'analyse d'un flux de type Zoom, et donc de permettre une analyse plus fine et comparative. Ici le {{Explor lien|wiki=Santé|url=an2020/index.html|area=CovidV1|texte=zoom 2020 est naturellement fondamental}}. | ||
+ | {{!}}- | ||
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+ | {| class="wikitable" | ||
+ | |- | ||
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+ | |colspan=2| | ||
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+ | {{Explor bandeau flux|type=IstexMulti|code=Istex|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux donne accès [[A pour taille ISTEX::{{CovidV1, Explor size|stream=Istex|step=Corpus|index=biblio}}]] [[A pour base utilisée::ISTEX (corpus)|documents ISTEX]] Après curation (élimination d'une revue non pertinente) le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Istex|step=Checkpoint|index=biblio}}. | ||
+ | |- | ||
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+ | {{Explor bandeau flux|type=Medline|code=PubMed|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux traite [[A pour taille PubMed::{{CovidV1, Explor size|stream=PubMed|step=Corpus|index=biblio}}]] références ou documents provenance de l'archive [[A pour base utilisée::PubMed (MEDLINE)]]. Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=PubMed|step=Checkpoint|index=biblio}}. | ||
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+ | {{Explor bandeau flux|type=Pmc|code=Pmc|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux traite [[A pour taille PubMed Central::{{CovidV1, Explor size|stream=Pmc|step=Corpus|index=biblio}}]] références ou documents provenance de l'archive [[A pour base utilisée::PubMed Central]]. (après curation : {{CovidV1, Explor size|stream=Pmc|step=Checkpoint|index=biblio}} ). | ||
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+ | |Ce flux traite {{CovidV1, Explor size|stream=Ncbi|step=Corpus|index=biblio}} références, Après curation (détéction de doublons) le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Ncbi|step=Checkpoint|index=biblio}}. | ||
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+ | |Ce flux traite [[A pour taille HAL::{{CovidV1, Explor size|stream=Hal|step=Corpus|index=biblio}}]] références [[A pour base utilisée::Hyper article en ligne|téléchargées de HAL]]. Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Hal|step=Checkpoint|index=biblio}}. | ||
+ | |- | ||
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+ | |colspan=2| | ||
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+ | {{Explor bandeau flux|type=Stanalyst|code=PascalFrancis|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux traite {{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblio}} références, dont [[A pour taille Francis::{{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblioFrancis}}]] venant de [[A pour base utilisée::Francis (base de données)|Francis]], et [[A pour taille Pascal::{{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblioPascal}}]] venant de [[A pour base utilisée::Pascal (base de données)|Pascal]]. | ||
+ | Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Checkpoint|index=biblio}}. | ||
+ | |- | ||
+ | !{{Explor icon number|n=7}}Flux principal | ||
+ | !{{Explor icon number|n=1}}{{Explor icon number|n=4}}{{Explor icon number|n=5}}{{Explor icon number|n=6}} | ||
+ | |{{Explor bandeau flux|type=MainMerge|code=Main|path=CovidV1}} | ||
+ | |||
+ | |Ce flux fusionne {{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Area|step=Checkpoint|index=biblio}}}} références issues des étapes précédentes. | ||
+ | Ce volume est ramené à {{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Main|step=Merge|index=biblio}}}} après dédoublonnage par [[DOI]]. | ||
+ | Enfin, il est réduit à [[A pour volumétrie finale::{{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Main|step=Exploration|index=biblio}}}}]] par [[clé de dédoublonnage IDAT]]. | ||
+ | |- | ||
+ | !Zoom | ||
+ | !France | ||
+ | | | ||
+ | {{Explor bandeau flux|type=zoom|code=France|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux donne accès à une bibliographie contenant {{CovidV1, Explor size|stream=France|step=Analysis|index=biblio}} références ayant au moins un auteur avec une affiliation française. | ||
+ | |- | ||
+ | !Zoom | ||
+ | !2020 | ||
+ | | | ||
+ | {{Explor bandeau flux|type=zoom|code=an2020|path=CovidV1}} | ||
+ | |Ce flux donne accès à une bibliographie contenant {{CovidV1, Explor size|stream=an2020|step=Analysis|index=biblio}} références contenant 2020 (filtre à affiner). | ||
+ | |- | ||
+ | |} | ||
+ | |||
+ | ==Projections géographiques== | ||
+ | {{Début 2 colonnes}} | ||
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+ | }} | ||
+ | ===Listes de résultats bruts=== | ||
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+ | |texte=lien vers l'index complet des mots-clés '''(avec classifications)''' | ||
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+ | |||
+ | ====Sur le Zoom France==== | ||
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+ | ====Sur le Zoom 2020==== | ||
+ | {{Début 2 colonnes}} | ||
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+ | ;Affiliations: | ||
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+ | |texte=lien vers l'index complet des mots du titre '''(avec classifications)''' | ||
+ | }} | ||
+ | {{CovidV1, include|section=title2020}} | ||
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+ | ;ISSN/revue: | ||
+ | {{CovidV1, include|section=Issn2020}} | ||
+ | {{Fin 3 colonnes}} | ||
+ | |||
+ | ==Paramétrage== | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1]] - ''introduction'' | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1/Paramètres, data]] - ''génération des données'' | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1/Paramètres, fr]] - ''génération de l'interface'' | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1/Paramètres, génération des cartes]] - ''génération de cartes géographiques'' | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1/Paramètres, templates size]] - ''paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques'' | ||
+ | *[[Wicri:CovidV1/Paramètres, template include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts'' | ||
+ | ==Voir aussi== | ||
+ | * [[Serveur d'exploration Covid (26 mars)]] | ||
+ | ;Notes de gestion: | ||
+ | * signalement : [[A pour date de mise en lecture::17 mars 2020]] | ||
+ | |||
+ | [[Catégorie:Serveur d'exploration|Covid]] | ||
+ | [[Catégorie:Serveurs d'exploration|Covid]] | ||
+ | [[Catégorie:Serveurs Covid|Covid]] | ||
+ | [[Catégorie:Serveurs Démo.Istex|Covid]] | ||
+ | __SHOWFACTBOX__ |
Version actuelle datée du 12 février 2021 à 21:54
Cette page introduit le « Serveur d'exploration Covid ». Il contient 2718 documents.
Sommaire
Cette partie permet de naviguer dans l'ensemble du dispositif de curation et d'exploration. Elle est plutôt destinée aux spécialistes.
Aide à la navigation
icône | signification |
---|---|
![]() |
Cette icône identifie l'étape qui permet de naviguer dans l'ensemble des 2 700 notices bibliographiques issues des différents corpus. |
![]() |
Cette icône identifie le flux principal (Main) d'un serveur d'exploration. Ce flux se compose d'une étape de fusion, suivie d'une de curation pour produire le site d'exploration. Au moment de la rédaction de ce paragraphe, il n'y a pas encore de traitements de curation installés sur ce flux. |
![]() |
Cette icône identifie la première étape d'un flux. Cette étape se limite généralement à un reformatage en TEI. A noter sur cette étape, les index AutAff qui regroupent les graphies de personnes ayant même patronyme et même initiale de prénom (et qui liste les affiliation associées) :
|
![]() |
Cette icône indique une étape de confluence. Dans le cas du flux nommé NCBI, il s'agit surtout de dédoublonner les notices Medline correspondant à des articles dans PubMed Central. On peut comparer le nombre de documents dans l'étape Merge, avec la somme des étapes chackpoint des flux PubMed Central et PubMed. |
![]() |
Cette icône indique une phase de curation. En fait, les actions de curation démarrent sur cette étape pointée par cette icône et se poursuivent sur la suivante. Par exemple, pour le flux ISTEX, comparer par exemple le nombre de villes repérées dans l'étape Curation et dans Checkpoint. |
![]() |
Cette icône indique une étape de vérification en fin de traitement d'un flux primaire. En fait, elle permet également une analyse partielle d'une thématique à partir du point de vue privilégié par la source. |
![]() |
Cette icône introduit un flux de type Zoom. Ce serveur possède deux zooms : un pour les publications ayant au moins un auteur français et un autre pour les publications de 2020. |
![]() |
Cette icône permet d'atteindre l'étape d'extraction d'un flus Zoom. Sur la page de paramétrage du serveur (Wicri:CovidV1/Paramètres, data), un paragraphe contient des exemples de critères (encore élémentaires) de sélection. |
![]() |
Cette icône permet d'atteindre l'étape finale d'analyse d'un flux de type Zoom, et donc de permettre une analyse plus fine et comparative. Ici le zoom 2020 est naturellement fondamental. |
Ce flux donne accès 1052 documents ISTEX Après curation (élimination d'une revue non pertinente) le volume est réduit à 931. | |||
Ce flux traite 767 références ou documents provenance de l'archive PubMed (MEDLINE). Après curation le volume est réduit à 767. | |||
Ce flux traite 814 références ou documents provenance de l'archive PubMed Central. (après curation : 814 ). | |||
Ce flux traite 1581 références, Après curation (détéction de doublons) le volume est réduit à 1515. | |||
Ce flux traite 13 références téléchargées de HAL. Après curation le volume est réduit à 13. | |||
Ce flux traite 72 références, dont 1 venant de Francis, et 71 venant de Pascal.
Après curation le volume est réduit à 71. | |||
Flux principal | Ce flux fusionne 2 530 références issues des étapes précédentes.
Ce volume est ramené à 2 486 après dédoublonnage par DOI. Enfin, il est réduit à 2 451 par clé de dédoublonnage IDAT. | ||
Zoom | France | Ce flux donne accès à une bibliographie contenant 80 références ayant au moins un auteur avec une affiliation française. | |
Zoom | 2020 | Ce flux donne accès à une bibliographie contenant 630 références contenant 2020 (filtre à affiner). |
Projections géographiques
|
|
production mondiale (détail Europe)
Listes de résultats bruts
Sur le corpus complet (après curation)
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Sur le Zoom France
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Sur le Zoom 2020
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Paramétrage
- Wicri:CovidV1 - introduction
- Wicri:CovidV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:CovidV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:CovidV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:CovidV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:CovidV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Voir aussi
- Notes de gestion
- signalement : 17 mars 2020
… davantage au sujet de « Serveur d'exploration Covid »