imported>Jacques Ducloy : 1 révision importée

2020-08-25T13:36:23Z

1 révision importée

Nouvelle page

Cette page introduit les aspects techniques de la version [[Wicri:MedMarketFranceV1|MedMarketFranceV1]] du « [[Serveur d'exploration sur le marché médical en France]] ».

Voir aussi :
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, corpus]] - ''création des corpus''
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, fr]] - ''paramètres de navigation''.
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, size]] - ''génération des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, maps]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:MedMarketFranceV1/Paramètres, include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Initialisation==
Ce serveur a probablement été initialisé par les commandes :
<source>
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage

NlmPubMedExplorCorpus -d MedMarketFranceV1 \
-q "(economy[MeSH Terms]) AND (france[MeSH Terms])" -s 2000 \
-t "Serveur d'exploration sur le marché médical en France"
</source>

==Installation==
===Installation des données===
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
<source>
$WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage
</source>
Sur le site LorExplor il n'y a rien à faire à l'issue de la commande <code>NlmPubMedExplorCorpus</code>
===Génération à partir d'une machine locale===
;Sur la machine locale:
<source lang="sh">
tar -cvf MedMarketFranceV1.tar MedMarketFranceV1
gzip MedMarketFranceV1.tar

scp MedMarketFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage
</source>

;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage

gunzip MedMarketFranceV1.tar.gz
tar -xvf MedMarketFranceV1.tar
gzip MedMarketFranceV1.tar
</source>

===Définition des liens pour visibilité Web===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s MedMarketFrance.storage/MedMarketFranceV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFranceV1 .
</source>

==Mise à jour==
===Définition EXPLOR_AREA===
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage/MedMarketFranceV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>

===Chargement d'une nouvelle version des données===
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "(economy[MeSH Terms]) AND (france[MeSH Terms])" -s 6000 -x > Import/pubmed_result.xml
</source>

===Restauration complète===
;Solution 1:

<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
</source>

;En pas à pas:
<source lang="sh">
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
</source>

===Installation de la nouvelle version===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage
rm MedMarketFranceV1.tar.gz
</source>
;Sur la machine de développement:
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage
rm MedMarketFranceV1.tar.gz
tar -cvf MedMarketFranceV1.tar MedMarketFranceV1
gzip MedMarketFranceV1.tar
scp MedMarketFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MedMarketFrance.storage
</source>

==Voir aussi==
Cette page est générée à partir de
* [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus]]

Wicri:MedMarketFranceV1 - Historique des versions

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