Jacques Ducloy : 1 révision importée

2021-06-17T14:16:14Z

1 révision importée

Jacquesducloy le 17 juin 2021 à 14:13

2021-06-17T14:13:23Z

Nouvelle page

Cette page introduit les aspects techniques de la version [[Wicri:MaghrebDataLibMed|MaghrebDataLibMed]] du « [[Serveur sur les données et bibliothèques médicales au Maghreb]] ».

Voir aussi :
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, corpus]] - ''création des corpus''
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, fr]] - ''paramètres de navigation''.
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, size]] - ''génération des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, maps]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:MaghrebDataLibMed/Paramètres, include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Initialisation==
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande [[Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus|<code>NlmPubMedExplorCorpus</code>]] avec le script suivant :
<source>
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage

NlmPubMedExplorCorpus -d MaghrebDataLibMed \
-q "(algerie OR algiers OR algeria OR tunis OR Tunisia OR Maroc OR Morocco) AND (database OR library)" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur sur les données et bibliothèques médicales au Maghreb"
</source>

==Installation==
===Installation des données sur LorExplor, initialisation===
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
:<code>$WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage</code>
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
<source lang="sh">
source /applis/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage

cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage
</source>

===Génération à partir d'une machine locale===
A l'issue de la commande <code>NlmPubMedExplorCorpus</code>.
;Sur la machine locale:
<source lang="sh">
tar -cvf MaghrebDataLibMed.tar MaghrebDataLibMed
gzip MaghrebDataLibMed.tar

scp $ISTEX_PAR MaghrebDataLibMed.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage
</source>

;Sur la machine Démo.Istex
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage

gunzip MaghrebDataLibMed.tar.gz
tar -xvf MaghrebDataLibMed.tar
gzip MaghrebDataLibMed.tar
</source>

===Définition des liens pour visibilité Web===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s MaghrebDataLibM.storage/MaghrebDataLibMed .
cd /var/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed .
</source>

==Mise à jour==
===Définition EXPLOR_AREA===
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage/MaghrebDataLibMed
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>

===Chargement d'une nouvelle version des données===
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "(algerie OR algiers OR algeria OR tunis OR Tunisia OR Maroc OR Morocco) AND (database OR library)" -s 1500 -x > Import/pubmed_result.xml
</source>

===Restauration complète===
;Solution 1:

<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
</source>

;En pas à pas:
<source lang="sh">
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
</source>

===Installation de la nouvelle version===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage
rm MaghrebDataLibMed.tar.gz
</source>
;Sur la machine de développement:
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage
rm MaghrebDataLibMed.tar.gz
tar -cvf MaghrebDataLibMed.tar MaghrebDataLibMed
gzip MaghrebDataLibMed.tar
scp $ISTEX_PAR MaghrebDataLibMed.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibM.storage
</source>

==Voir aussi==
Cette page est générée à partir de
* [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus]]

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Jacques Ducloy : 1 révision importée

Jacquesducloy le 17 juin 2021 à 14:13