Voir la source de Serveur d'exploration Covid

{{Covid/En-tête|serveur=CovidV1}}
{{Wicri avertissement
 |texte=Ce serveur est un outil de travail destiné aux spécialistes pour les aider à élaborer des résultats synthétiques. La navigation efficace dans cette bibliographie demande une solide formation. 

Il repose sur des traitements statistiques relativement simples. Les données accessibles par cette navigation n'ont subi aucune vérification. 

Il est ouvert au public pour montrer quels sont les outils sur lesquels travaillent les spécialistes.

Merci au public de ne tirer aucune conclusion d'une corrélation...
}}
<!--
{{Wicri travaux|texte=Pour des raisons de curation, une nouvelle version de ce serveur est en cours de chargement.

Des liens peuvent être perdus (de façon temporaire).

De même les information numériques peuvent être temporairement incohérentes.
}}
-->

{{Wicri point de vue
  |titre = Compléments et discussions
  |texte = Dans les pages de discussions associées à ce serveur, vous trouverez également des résultats de filtrage sur les points suivants :
* [[Discussion:Serveur d'exploration Covid/Chloroquine|Autour de la chloroquine]]
* [[Discussion:Serveur d'exploration Covid/Lavage bronchoalvéolaire|Lavage bronchoalvéolaire]]
 }}
{{Wicri avertissement
 |titre=Version actualisée
 |texte=Une nouvelle version a été mise en ligne.

Voir [[Serveur d'exploration Covid (26 mars)]].

Celle ci est conservée pour procéder par comparaisons.
}}
Cette page introduit le « [[Serveur d'exploration Covid]] ».
Il contient [[A pour volumétrie (serveur d'exploration)::{{CovidV1, Explor size|stream=Area|step=Corpus|index=biblio}}]] documents.
==Navigation==

Cette partie permet de naviguer dans l'ensemble du dispositif de curation et d'exploration. Elle est plutôt destinée aux spécialistes. 

{{boîte déroulante
  |titre=Aide à la navigation
  |contenu=
{{{!}}class="wikitable"
{{!}}-
!icône
!signification
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=exploration|area=CovidV1|wiki=Santé|path=Main/Exploration/index.html|text=Pour aller directement sur le site d'exploration du serveur de la plateforme CovidV1}}
{{!}}Cette icône identifie l'étape qui permet de {{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/index.html
 |texte=naviguer dans l'ensemble des {{formatnum:2700}} notices bibliographiques issues des différents corpus.
}}
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=Explor|area=CovidV1|wiki=Santé|text=Pour aller sur la page d'introduction du flux principal de confluence}}
{{!}}Cette icône identifie le  [[explor:CovidV1/Site/fr/Main/index.html|flux principal (Main)]] d'un serveur d'exploration. Ce flux se compose d'une étape de fusion, suivie d'une de curation pour produire le site d'exploration. Au moment de la rédaction de ce paragraphe, il n'y a pas encore de traitements de curation installés sur ce flux.
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=corpus|wiki=Santé|area=CovidV1|path=Pmc/Corpus/index.html|text=Pour aller, à titre d'exemple, sur l'étape Corpus du flux PubMed Central}}
{{!}}Cette icône identifie la première étape d'un flux. Cette étape se limite généralement à un reformatage en TEI. A noter sur cette étape, les index AutAff qui regroupent les graphies de personnes ayant même patronyme et même initiale de prénom (et qui liste les affiliation associées) :
* Voir cet index pour les flux {{Explor lien|url=PascalFrancis/Corpus/indexHead.php?index=AutAff.i|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PascalFrancis}}, {{Explor lien|url=Pmc/Corpus/indexHead.php?index=AutAff.i|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed Central}} 
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=merge|wiki=Santé|area=CovidV1|path=Main/Merge/index.html|text=Pour aller, à titre d'exemple, sur l'étape de dédoublonnage du flux principal}}
{{!}}Cette icône indique une étape de confluence. Dans le cas du flux nommé NCBI, il s'agit surtout de dédoublonner les notices Medline correspondant à des articles dans PubMed Central. On peut comparer le nombre de documents dans l'étape {{Explor lien|url=Ncbi/Merge/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=Merge}}, avec la somme des étapes chackpoint des flux {{Explor lien|url=Pmc/Checkpoint/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed Central}} et {{Explor lien|url=PubMed/Checkpoint/index.html|wiki=Santé|area=CovidV1|texte=PubMed}}.
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|wiki=Santé|type=curation|area=CovidV1|path=PubMed/Curation/index.html|text=Pour aller, par exemple, sur l'étape de curation du flux PubMed}}
{{!}}Cette icône indique une phase de curation. En fait, les actions de curation démarrent sur cette étape pointée par cette icône et se poursuivent sur la suivante. Par exemple, pour le flux ISTEX, comparer par exemple le nombre de villes repérées dans l'étape  {{Explor lien|wiki=Santé|url=Istex/Curation/index.html|area=CovidV1|texte=Curation}} et dans {{Explor lien|wiki=Santé|url=Istex/Checkpoint/index.html|area=CovidV1|texte=Checkpoint}}.
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=checkpoint|wiki=Santé|area=CovidV1|path=PubMed/Checkpoint/index.html}}
{{!}}Cette icône indique une étape de vérification en fin de traitement d'un flux primaire. En fait, elle permet également une analyse partielle d'une thématique à partir du point de vue privilégié par la source. 
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=zoom|wiki=Santé|area=CovidV1|path=an2020/index.html}}
{{!}}Cette icône introduit un flux de type Zoom. Ce serveur possède deux zooms : un pour les {{Explor lien|wiki=Santé|url=France/index.html|area=CovidV1|texte=publications ayant au moins un auteur français}} et un autre {{Explor lien|wiki=Santé|url=an2020/index.html|area=CovidV1|texte=pour les publications de 2020}}.
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=extraction|wiki=H2PTM|area=HypertextV7|path=Main/Merge/index.html}}
{{!}}Cette icône permet d'atteindre l'étape d'extraction d'un flus Zoom. Sur la page de paramétrage du serveur ([[Wicri:CovidV1/Paramètres, data]]), un paragraphe contient des [[Wicri:CovidV1/Paramètres, data#Les Zooms|exemples de critères (encore élémentaires) de sélection]].
{{!}}-
{{!}}{{Explor icon link|type=analysis|wiki=Santé|area=CovidV1|path=an2020/Analysis/index.html|text=Pour aller, par exemple, sur l'étape d'analyse du zoom sur la France}}
{{!}}Cette icône permet d'atteindre l'étape finale d'analyse d'un flux de type Zoom, et donc de permettre une analyse plus fine et comparative. Ici le {{Explor lien|wiki=Santé|url=an2020/index.html|area=CovidV1|texte=zoom 2020 est naturellement fondamental}}.
{{!}}-
{{!}}}
}}


{| class="wikitable"
|-
!{{Explor icon number|n=1}}
|colspan=2|

{{Explor bandeau flux|type=IstexMulti|code=Istex|path=CovidV1}}
|Ce flux donne accès [[A pour taille ISTEX::{{CovidV1, Explor size|stream=Istex|step=Corpus|index=biblio}}]] [[A pour base utilisée::ISTEX (corpus)|documents ISTEX]] Après curation (élimination d'une revue non pertinente) le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Istex|step=Checkpoint|index=biblio}}.
|-
!{{Explor icon number|n=2}}
|colspan=2|

{{Explor bandeau flux|type=Medline|code=PubMed|path=CovidV1}}
|Ce flux traite [[A pour taille PubMed::{{CovidV1, Explor size|stream=PubMed|step=Corpus|index=biblio}}]] références ou documents provenance de l'archive [[A pour base utilisée::PubMed (MEDLINE)]]. Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=PubMed|step=Checkpoint|index=biblio}}.
|-
!{{Explor icon number|n=3}}
|colspan=2|

{{Explor bandeau flux|type=Pmc|code=Pmc|path=CovidV1}}
|Ce flux traite [[A pour taille PubMed Central::{{CovidV1, Explor size|stream=Pmc|step=Corpus|index=biblio}}]] références ou documents provenance de l'archive [[A pour base utilisée::PubMed Central]]. (après curation : {{CovidV1, Explor size|stream=Pmc|step=Checkpoint|index=biblio}} ).
|-
!{{Explor icon number|n=4}}
!{{Explor icon number|n=2}}{{Explor icon number|n=3}}
|
{{Explor bandeau flux|type=Ncbi|code=Ncbi|path=CovidV1}}
|Ce flux traite {{CovidV1, Explor size|stream=Ncbi|step=Corpus|index=biblio}} références, Après curation (détéction de doublons) le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Ncbi|step=Checkpoint|index=biblio}}.
|-
!{{Explor icon number|n=5}}
|colspan=2|

{{Explor bandeau flux|type=Hal|code=Hal|path=CovidV1}}
|Ce flux traite [[A pour taille HAL::{{CovidV1, Explor size|stream=Hal|step=Corpus|index=biblio}}]] références [[A pour base utilisée::Hyper article en ligne|téléchargées de HAL]]. Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=Hal|step=Checkpoint|index=biblio}}.
|-
!{{Explor icon number|n=6}}
|colspan=2|

{{Explor bandeau flux|type=Stanalyst|code=PascalFrancis|path=CovidV1}}
|Ce flux traite {{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblio}} références, dont [[A pour taille Francis::{{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblioFrancis}}]] venant de [[A pour base utilisée::Francis (base de données)|Francis]], et [[A pour taille Pascal::{{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Corpus|index=biblioPascal}}]] venant de [[A pour base utilisée::Pascal (base de données)|Pascal]].
Après curation le volume est réduit à {{CovidV1, Explor size|stream=PascalFrancis|step=Checkpoint|index=biblio}}.
|-
!{{Explor icon number|n=7}}Flux principal
!{{Explor icon number|n=1}}{{Explor icon number|n=4}}{{Explor icon number|n=5}}{{Explor icon number|n=6}}
|{{Explor bandeau flux|type=MainMerge|code=Main|path=CovidV1}}

|Ce flux fusionne {{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Area|step=Checkpoint|index=biblio}}}} références issues des étapes précédentes.
Ce volume est ramené à {{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Main|step=Merge|index=biblio}}}} après dédoublonnage par [[DOI]].
Enfin, il est réduit à [[A pour volumétrie finale::{{formatnum:{{CovidV1, Explor size|stream=Main|step=Exploration|index=biblio}}}}]] par [[clé de dédoublonnage IDAT]].
|-
!Zoom
!France
|
{{Explor bandeau flux|type=zoom|code=France|path=CovidV1}}
|Ce flux donne accès à une bibliographie contenant {{CovidV1, Explor size|stream=France|step=Analysis|index=biblio}} références ayant au moins un auteur avec une affiliation française.
|-
!Zoom
!2020
|
{{Explor bandeau flux|type=zoom|code=an2020|path=CovidV1}}
|Ce flux donne accès à une bibliographie contenant {{CovidV1, Explor size|stream=an2020|step=Analysis|index=biblio}} références contenant 2020 (filtre à affiner).
|-
|}

==Projections géographiques==
{{Début 2 colonnes}}
{{Explor plateforme CovidV1/Carte France|taille=400}}
{{saut 2 colonnes}}
{{Explor plateforme CovidV1/Carte France Regions 2016|taille=400}}
{{Fin 2 colonnes}}
{{Explor plateforme CovidV1/Carte Europe}}
{{Explor plateforme CovidV1/Carte Monde Europe réunie}}
{{boîte déroulante
 |titre= production mondiale (détail Europe)
 |contenu=
{{Explor plateforme CovidV1/Carte Monde}}
}}
===Listes de résultats bruts===
====Sur le corpus complet (après curation)====
{{Début 2 colonnes}}
;Auteurs:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Author.i
 |texte=lien vers l'index auteur complet '''(avec classifications)'''
}}
{{CovidV1, include|section=auteurs}}
{{Saut 2 colonnes}}
;Affiliations:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffRegion.i
 |texte=lien vers l'index affiliation complet
}}
{{CovidV1, include|section=org}}
{{Fin 2 colonnes}}

{{Début 3 colonnes}}
;Pays:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffPays.i
 |texte=lien vers l'index pays complet
}}
{{CovidV1, include|section=pays}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Région:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffRegion.i
 |texte=lien vers l'index complet des régions
}}
{{CovidV1, include|section=region}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Villes:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffVille.i
 |texte=lien vers l'index complet des villes
}}
{{CovidV1, include|section=ville}}
{{Fin 3 colonnes}}
;{{Début 2 colonnes}}
;;MeSH (anglais):
{{Explor lien
  |wiki=Sante
 |area=StressCovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Mesh.i
 |texte=Lien vers l'index complet 
}}
{{StressCovidV1, include|section=Mesh}}
{{Saut 2 colonnes}}
;;MeSH (français):
{{Explor lien
  |wiki=Sante
 |area=StressCovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=MeshFr.i
 |texte=Lien vers l'index complet 
}}
{{StressCovidV1, include|section=MeshFr}}
{{Fin 2 colonnes}}

{{Début 3 colonnes}}
;Mots-clés anglais:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=KwdEn.i
 |texte=lien vers l'index complet des mots-clés '''(avec classifications)'''
}}
{{CovidV1, include|section=KwdEn}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Mots des titres:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Titre.i
 |texte=lien vers l'index complet des mots du titre '''(avec classifications)'''
}}
{{CovidV1, include|section=title}}
{{Saut 3 colonnes}}
;ISSN/revue:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=ISSN.i
 |texte=lien vers l'index complet des revues (par ISSN)
}}
{{CovidV1, include|section=ISSN}}
{{Fin 3 colonnes}}
{{Début 2 colonnes}}
;MeSH (en anglais):
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Mesh.i
 |texte=lien vers l'index complet des termes du MeSH
}}
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=KwdEn.i
 |texte=Pour la classification voir les mots clés en anglais
}}

{{CovidV1, include|section=Mesh}}
{{Saut 2 colonnes}}
;MeSH (en français):
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=MeshFr.i
 |texte=lien vers l'index complet des termes du MeSH en français
}}
{{CovidV1, include|section=MeshFr}}
{{Fin 2 colonnes}}

====Sur le Zoom France====
{{Début 2 colonnes}}
;Auteurs:
{{CovidV1, include|section=auteursFrance}}
{{Saut 2 colonnes}}
;Affiliations:
{{CovidV1, include|section=orgFrance}}
{{Fin 2 colonnes}}
{{Début 3 colonnes}}
;Pays:
{{CovidV1, include|section=paysFrance}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Région:
{{CovidV1, include|section=regionFrance}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Villes:
{{CovidV1, include|section=villeFrance}}
{{Fin 3 colonnes}}
{{Début 3 colonnes}}
;Mots-clés anglais::
{{CovidV1, include|section=KwdEnFrance}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Mots des titres:
{{CovidV1, include|section=titleFrance}}
{{Saut 3 colonnes}}
;ISSN/revue:
{{CovidV1, include|section=IssnFrance}}
{{Fin 3 colonnes}}
====Sur le Zoom 2020====
{{Début 2 colonnes}}
;Auteurs:
{{CovidV1, include|section=auteurs2020}}
{{Saut 2 colonnes}}
;Affiliations:
{{CovidV1, include|section=org2020}}
{{Fin 2 colonnes}}
{{Début 3 colonnes}}
;Pays:
{{CovidV1, include|section=pays2020}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Région:
{{CovidV1, include|section=region2020}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Villes:
{{CovidV1, include|section=ville2020}}
{{Fin 3 colonnes}}
{{Début 3 colonnes}}
;Mots-clés anglais::
{{CovidV1, include|section=KwdEn2020}}
{{Saut 3 colonnes}}
;Mots des titres:
{{Explor lien
 |wiki=Santé
 |area=CovidV1
 |url=an2020/Analysis/indexHead.php?index=Title.i
 |texte=lien vers l'index complet des mots du titre '''(avec classifications)'''
}}
{{CovidV1, include|section=title2020}}
{{Saut 3 colonnes}}
;ISSN/revue:
{{CovidV1, include|section=Issn2020}}
{{Fin 3 colonnes}}

==Paramétrage==
*[[Wicri:CovidV1]] - ''introduction''
*[[Wicri:CovidV1/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:CovidV1/Paramètres, fr]] - ''génération de l'interface''
*[[Wicri:CovidV1/Paramètres, génération des cartes]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:CovidV1/Paramètres, templates size]] - ''paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:CovidV1/Paramètres, template include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Voir aussi==
* [[Serveur d'exploration Covid (26 mars)]]
[[Catégorie:Serveur d'exploration]]
[[Catégorie:Serveurs Covid]]
__SHOWFACTBOX__