Serveur d'exploration MERS - Exploration (Accueil)

Index « MeshFr.i » - entrée « Métagénomique »
Attention, ce site est en cours de développement !
Attention, site généré par des moyens informatiques à partir de corpus bruts.
Les informations ne sont donc pas validées.
Métagénome < Métagénomique < Métalloporphyrines  Facettes :

List of bibliographic references indexed by Métagénomique

Number of relevant bibliographic references: 42.
Ident.Authors (with country if any)Title
000372 (2019) Will Pm Rowe [Royaume-Uni] ; Anna Paola Carrieri [Royaume-Uni] ; Cristina Alcon-Giner [Royaume-Uni] ; Shabhonam Caim [Royaume-Uni] ; Alex Shaw [Royaume-Uni] ; Kathleen Sim [Royaume-Uni] ; J. Simon Kroll [Royaume-Uni] ; Lindsay J. Hall [Royaume-Uni] ; Edward O. Pyzer-Knapp [Royaume-Uni] ; Martyn D. Winn [Royaume-Uni]Streaming histogram sketching for rapid microbiome analytics
000410 (2019) Zheng Zhang [République populaire de Chine] ; Zena Cai [République populaire de Chine] ; Zhiying Tan [République populaire de Chine] ; Congyu Lu [République populaire de Chine] ; Taijiao Jiang [République populaire de Chine] ; Gaihua Zhang [République populaire de Chine] ; Yousong Peng [République populaire de Chine]Rapid identification of human-infecting viruses.
000482 (2019) Nathan Lapierre [États-Unis] ; Serghei Mangul [États-Unis] ; Mohammed Alser [Suisse] ; Igor Mandric [États-Unis] ; Nicholas C. Wu ; David Koslicki [États-Unis] ; Eleazar Eskin [États-Unis]MiCoP: microbial community profiling method for detecting viral and fungal organisms in metagenomic samples
000484 (2019) Jia Qian ; Matteo CominMetaCon: unsupervised clustering of metagenomic contigs with probabilistic k-mers statistics and coverage
000587 (2019) Kui Hua [République populaire de Chine] ; Xuegong Zhang [République populaire de Chine]Estimating the total genome length of a metagenomic sample using k-mers
000720 (2019) Nischay Mishra [États-Unis] ; Shamsudeen F. Fagbo [Arabie saoudite] ; Abdulaziz N. Alagaili [Arabie saoudite] ; Adam Nitido [États-Unis] ; Simon H. Williams [États-Unis] ; James Ng [États-Unis] ; Bohyun Lee [États-Unis] ; Abdulkareem Durosinlorun [Nigeria] ; Joel A. Garcia [États-Unis] ; Komal Jain [États-Unis] ; Vishal Kapoor [États-Unis] ; Jonathan H. Epstein [États-Unis] ; Thomas Briese [États-Unis] ; Ziad A. Memish ; Kevin J. Olival [États-Unis] ; W. Ian Lipkin [États-Unis]A viral metagenomic survey identifies known and novel mammalian viruses in bats from Saudi Arabia
000901 (2018) Kévin Vervier [États-Unis] ; Pierre Mahé [France] ; Jean-Philippe Vert [France]MetaVW: Large-Scale Machine Learning for Metagenomics Sequence Classification.
000926 (2018) F. P. Breitwieser [États-Unis] ; D. N. Baker [États-Unis] ; S. L. Salzberg [États-Unis]KrakenUniq: confident and fast metagenomics classification using unique k-mer counts
000992 (2018) Samuele Girotto ; Matteo Comin ; Cinzia PizziEfficient computation of spaced seed hashing with block indexing
000A85 (2018) Marike Geldenhuys [Afrique du Sud] ; Marinda Mortlock [Afrique du Sud] ; Jacqueline Weyer [Afrique du Sud] ; Oliver Bezuidt [Afrique du Sud] ; Ernest C. J. Seamark [Afrique du Sud] ; Teresa Kearney [Afrique du Sud] ; Cheryl Gleasner [États-Unis] ; Tracy H. Erkkila [États-Unis] ; Helen Cui [États-Unis] ; Wanda Markotter [Afrique du Sud]A metagenomic viral discovery approach identifies potential zoonotic and novel mammalian viruses in Neoromicia bats within South Africa
000C34 (2017) Maxime Déraspe [Canada] ; Frédéric Raymond [Canada] ; Sébastien Boisvert [Canada] ; Alexander Culley [Canada] ; Paul H. Roy [Canada] ; François Laviolette [Canada] ; Jacques Corbeil [Canada]Phenetic Comparison of Prokaryotic Genomes Using k-mers
000C97 (2017) André Müller ; Christian Hundt ; Andreas Hildebrandt ; Thomas Hankeln [Allemagne] ; Bertil SchmidtMetaCache: context-aware classification of metagenomic reads using minhashing.
000D00 (2017) Dinghua Li [Hong Kong] ; Yukun Huang [Hong Kong] ; Chi-Ming Leung [Hong Kong] ; Ruibang Luo [Hong Kong] ; Hing-Fung Ting [Hong Kong] ; Tak-Wah Lam [Hong Kong]MegaGTA: a sensitive and accurate metagenomic gene-targeted assembler using iterative de Bruijn graphs
000D21 (2017) Miho Hirai [Japon] ; Shinro Nishi [Japon] ; Miwako Tsuda [Japon] ; Michinari Sunamura [Japon] ; Yoshihiro Takaki [Japon] ; Takuro Nunoura [Japon]Library Construction from Subnanogram DNA for Pelagic Sea Water and Deep-Sea Sediments
000D49 (2017) Yan Li [États-Unis] ; Abdelmalik Ibrahim Khalafalla [Émirats arabes unis] ; Clinton R. Paden [États-Unis] ; Mohammed F. Yusof [Émirats arabes unis] ; Yassir M. Eltahir [Émirats arabes unis] ; Zulaikha M. Al Hammadi [Émirats arabes unis] ; Ying Tao [États-Unis] ; Krista Queen [États-Unis] ; Farida Al Hosani [Émirats arabes unis] ; Susan I. Gerber [États-Unis] ; Aron J. Hall [États-Unis] ; Salama Al Muhairi [Émirats arabes unis] ; Suxiang Tong [États-Unis]Identification of diverse viruses in upper respiratory samples in dromedary camels from United Arab Emirates
000E05 (2017) Yuan Jiang [République populaire de Chine] ; Jun Wang [République populaire de Chine] ; Dawen Xia [République populaire de Chine] ; Guoxian Yu [République populaire de Chine]EnSVMB: Metagenomics Fragments Classification using Ensemble SVM and BLAST
000E90 (2017) Axel Wedemeyer [Allemagne] ; Lasse Kliemann [Allemagne] ; Anand Srivastav [Allemagne] ; Christian Schielke [Allemagne] ; Thorsten B. Reusch [Allemagne] ; Philip Rosenstiel [Allemagne]An improved filtering algorithm for big read datasets and its application to single-cell assembly
000F02 (2017) Robin Kobus [Allemagne] ; Christian Hundt [Allemagne] ; André Müller [Allemagne] ; Bertil Schmidt [Allemagne]Accelerating metagenomic read classification on CUDA-enabled GPUs
001145 (2016) Samuele Girotto [Italie] ; Cinzia Pizzi [Italie] ; Matteo Comin [Italie]MetaProb: accurate metagenomic reads binning based on probabilistic sequence signatures.
001159 (2016) Maria Hauser [Allemagne] ; Martin Steinegger [Allemagne] ; Johannes Söding [Allemagne]MMseqs software suite for fast and deep clustering and searching of large protein sequence sets.
001254 (2016) Peter Menzel [Danemark] ; Kim Lee Ng [Danemark] ; Anders Krogh [Danemark]Fast and sensitive taxonomic classification for metagenomics with Kaiju
001371 (2016) Veronika B. Dubinkina [Russie] ; Dmitry S. Ischenko [Russie] ; Vladimir I. Ulyantsev [Russie] ; Alexander V. Tyakht [Russie] ; Dmitry G. Alexeev [Russie]Assessment of k-mer spectrum applicability for metagenomic dissimilarity analysis
001518 (2015) Yuzhen Ye ; Haixu TangUtilizing de Bruijn graph of metagenome assembly for metatranscriptome analysis
001570 (2015) Karel B Inda [France] ; Maciej Sykulski [France] ; Gregory Kucherov [France]Spaced seeds improve k-mer-based metagenomic classification.
001583 (2015) Ramin Karimi ; Andras HajduSRIdent: A novel pipeline for real-time identification of species from high-throughput sequencing reads in Metagenomics and clinical diagnostic assays.
001608 (2015) Florian Plaza Onate [France] ; Jean-Michel Batto [France] ; Catherine Juste [France] ; Jehane Fadlallah [France] ; Cyrielle Fougeroux [France] ; Doriane Gouas [France] ; Nicolas Pons [France] ; Sean Kennedy [France] ; Florence Levenez [France] ; Joel Dore [France] ; S Dusko Ehrlich [France] ; Guy Gorochov [France] ; Martin Larsen [France]Quality control of microbiota metagenomics by k-mer analysis
001721 (2015) Kévin Vervier ; Pierre Mahé ; Maud Tournoud ; Jean-Baptiste Veyrieras ; Jean-Philippe VertLarge-scale machine learning for metagenomics sequence classification
001797 (2015) Ruichang Zhang [République populaire de Chine] ; Zhanzhan Cheng [République populaire de Chine] ; Jihong Guan [République populaire de Chine] ; Shuigeng Zhou [République populaire de Chine]Exploiting topic modeling to boost metagenomic reads binning
001833 (2015) Brian Cleary [États-Unis] ; Ilana Lauren Brito [États-Unis] ; Katherine Huang [États-Unis] ; Dirk Gevers [États-Unis] ; Terrance Shea [États-Unis] ; Sarah Young [États-Unis] ; Eric J. Alm [États-Unis]Detection of low-abundance bacterial strains in metagenomic datasets by eigengenome partitioning.
001860 (2015) Jolanta Kawulok ; Sebastian DeorowiczCoMeta: Classification of Metagenomes Using k-mers
001875 (2015) Rachid Ounit ; Steve Wanamaker ; Timothy J. Close ; Stefano LonardiCLARK: fast and accurate classification of metagenomic and genomic sequences using discriminative k-mers
001913 (2015) David Koslicki [États-Unis] ; Saikat Chatterjee [Suède] ; Damon Shahrivar [Suède] ; Alan W. Walker [Royaume-Uni] ; Suzanna C. Francis [Royaume-Uni] ; Louise J. Fraser [Royaume-Uni] ; Mikko Vehkaper [Royaume-Uni] ; Yueheng Lan [République populaire de Chine] ; Jukka Corander [Finlande]ARK: Aggregation of Reads by K-Means for Estimation of Bacterial Community Composition
001C04 (2014) Derrick E. Wood [États-Unis] ; Steven L. Salzberg [États-Unis]Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments
001C58 (2014) Sohan Seth [Finlande] ; Niko V Lim Ki [Finlande] ; Samuel Kaski [Finlande] ; Antti Honkela [Finlande]Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples
002147 (2013) Bonnie L. Hurwitz [États-Unis] ; Li Deng [États-Unis] ; Bonnie T. Poulos [États-Unis] ; Matthew B. Sullivan [États-Unis]Evaluation of methods to concentrate and purify ocean virus communities through comparative, replicated metagenomics
002215 (2012) Robert A. Edwards [États-Unis] ; Robert Olson [États-Unis] ; Terry Disz [États-Unis] ; Gordon D. Pusch [États-Unis] ; Veronika Vonstein [États-Unis] ; Rick Stevens [États-Unis] ; Ross Overbeek [États-Unis]Real Time Metagenomics: Using k-mers to annotate metagenomes
002217 (2012) Sébastien Boisvert [Canada] ; Frédéric Raymond [Canada] ; Élénie Godzaridis [Canada] ; François Laviolette [Canada] ; Jacques Corbeil [Canada]Ray Meta: scalable de novo metagenome assembly and profiling
002218 (2012) Joel Berendzen [États-Unis] ; William J. Bruno [États-Unis] ; Judith D. Cohn [États-Unis] ; Nicolas W. Hengartner [États-Unis] ; Cheryl R. Kuske [États-Unis] ; Benjamin H. Mcmahon [États-Unis] ; Murray A. Wolinsky [États-Unis] ; Gary Xie [États-Unis]Rapid phylogenetic and functional classification of short genomic fragments with signature peptides
002233 (2012) Yi Wang ; Henry C. M. Leung ; S. M. Yiu ; Francis Y. L. ChinMetaCluster 5.0: a two-round binning approach for metagenomic data for low-abundance species in a noisy sample
002250 (2012) Yu Peng [Hong Kong] ; Henry C M. Leung ; S M Yiu ; Francis Y L. ChinIDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth.
002277 (2012) Susan Higashi [Brésil] ; André Da Motta Salles Barreto [Brésil] ; Maurício Egidio Cantão [Brésil] ; Ana Tereza Ribeiro De Vasconcelos [Brésil]Analysis of composition-based metagenomic classification
002602 (2010) Bin Yang [République populaire de Chine, Hong Kong] ; Yu Peng [Hong Kong] ; Henry Chi-Ming Leung [Hong Kong] ; Siu-Ming Yiu [Hong Kong] ; Jing-Chi Chen [Hong Kong] ; Francis Yuk-Lun Chin [Hong Kong]Unsupervised binning of environmental genomic fragments based on an error robust selection of l-mers

Pour manipuler ce document sous Unix (Dilib)

EXPLOR_STEP=$WICRI_ROOT/Sante/explor/MersV1/Data/Main/Exploration
HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/MeshFr.i -k "Métagénomique" 
HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/MeshFr.i  \
                -Sk "Métagénomique" \
         | HfdSelect -Kh $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd 

Pour mettre un lien sur cette page dans le réseau Wicri

{{Explor lien
   |wiki=    Sante
   |area=    MersV1
   |flux=    Main
   |étape=   Exploration
   |type=    indexItem
   |index=    MeshFr.i
   |clé=    Métagénomique
}}

Wicri

This area was generated with Dilib version V0.6.33.
Data generation: Mon Apr 20 23:26:43 2020. Site generation: Sat Mar 27 09:06:09 2021