FishBase
De Wicri Outils
FishBase est un système d'information collaboratif sur les poissons.
Cette page introduit un ensemble d'outils permettant d'extraire des tables issues de FishBase.
Outils et données relatives à FishBase
Dans l'arborescence Dilib recommandée, les outils et données relatives à FishBase sont rangées sous :
$WICRI_ROOT/Wicri/Eau/Sources/FishBase
Téléchargement
Les outils décrits sur cette page sont adaptés aux pages ayant le format suivant :
Par exemple :
On utilise alors la commande curl comme par exemple :
URL_FISH_BASE="http://www.fishbase.org/Country/CountryChecklist.php"
curl $URL_FISH_BASE"?c_code=250&vhabitat=all2&csub_code=&cpresence=present" 2> /dev/null
Conversion
Sous $WICRI_ROOT/Wicri/Eau/Sources/FishBase
cat <<... >fishBaseExtractTable.lex
%START JUMP
%START BODY
%START TABLE1
%START TABLE2
%START JUMP_TR
%%
<JUMP>"<body" BEGIN BODY;
<JUMP>. ;
<JUMP>\n ;
<BODY>"<table" BEGIN TABLE1;
<BODY>. ;
<BODY>\n ;
<TABLE1>"<table" { ECHO; BEGIN TABLE2; }
<TABLE1>. ;
<TABLE1>\n ;
<TABLE2>"</table>" { ECHO; putchar('\n'); BEGIN JUMP; }
%%
main()
{
BEGIN JUMP;
yylex();
}
...
lex fishBaseExtractTable.lex
gcc lex.yy.c -ll -o fishBaseExtractTable.bin
Voir aussi
- Dans le réseau Wicri :
La page de référence « FishBase » est sur le wiki Wicri/Eau.
