Wicri:TitanToxFraV2
De Wicri France
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Cette page introduit les aspects techniques de la version TitanToxFraV2 du « Serveur d'exploration sur la toxicité du titane ».
Voir aussi :
- Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Sommaire
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
ExplorGenerAreaPages \
-g TitanToxFra \
-a TitanToxFraV2 \
-m \
-p Wicri/France \
-w wicri-france.fr \
-W Wicri/France \
-s Ncbi \
-t "Serveur d'exploration sur la toxicité du titane"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
- Récuparation des corpus
NlmPubMedGetCorpus -q ... -x -s1000 > $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
- PubMed Central :
(France[Affiliation]) AND titanium AND toxicity
- PubMed
((titanium) AND toxicity) AND France[Affiliation]
- Importation des paramètres de génération
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki
Génération de la plateforme
- Importation des paramètres de génération
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki
Si reprise
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
- Importation des paramètres de navigation
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki
- Génération de l'interface
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
Sur la machine de développement
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Génération ex nihilo
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data" \
> TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.data.wiki
Ensuite :
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr" \
> TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.fr.wiki
sh TitanToxFraV2/bin/AreaReset.sh ExplorAreaInit -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres" -d TitanToxFraV2 sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateData.sh
sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateSite.sh
Génération des FTP
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar
rm Import.tar.gz
tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar
Sur la machine cible
Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible
. ... Dilib/init.sh
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2.20161031
Si nouveau code générique :
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage
Création du répertoire plateforme
mkdir $EXPLOR_AREA
- Transfert par FileZilla
Transférer les fichiers Site.tar.gz, Import.tar.gz, Data.tar.gz de TitanToxFraV2 (émetteur) vers TitanToxFraV2 (cible).
- Installation
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar
gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
Voir aussi
Sur Wicri/Outils : Dilib, module Nlm.