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Wicri:TitanToxFraV2

De Wicri France
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Cette page introduit les aspects techniques de la version TitanToxFraV2 du « Serveur d'exploration sur la toxicité du titane ».

Voir aussi :

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis
 ExplorGenerAreaPages \
       -g TitanToxFra   \
       -a TitanToxFraV2   \
       -m   \
       -p Wicri/France   \
       -w wicri-france.fr  \
       -W Wicri/France   \
       -s Ncbi   \
       -t "Serveur d'exploration sur la toxicité du titane"
Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Récuparation des corpus
NlmPubMedGetCorpus -q ... -x -s1000 > $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
  • PubMed Central :
(France[Affiliation]) AND titanium AND toxicity
  • PubMed
((titanium) AND toxicity) AND France[Affiliation]
Importation des paramètres de génération
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Génération de la plateforme

Importation des paramètres de génération
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
Importation des paramètres de navigation
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki
Génération de l'interface 
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Sur la machine de développement

Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Génération ex nihilo
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data" \
      > TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Ensuite :

WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr" \
      > TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.fr.wiki
sh TitanToxFraV2/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaInit -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres" -d TitanToxFraV2
sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateData.sh
sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateSite.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 
rm Import.tar.gz
tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2.20161031

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA
Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Import.tar.gz, Data.tar.gz de TitanToxFraV2 (émetteur) vers TitanToxFraV2 (cible).

Installation
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

Voir aussi

Sur Wicri/Outils : Dilib, module Nlm.