imported>Jacques Ducloy : 1 révision importée

2018-02-04T17:46:29Z

1 révision importée

Nouvelle page

Cette page introduit les aspects techniques de la version [[Wicri:TitanToxFraV2|TitanToxFraV2]] du « [[Serveur d'exploration sur la toxicité du titane]] ».

Voir aussi :
*[[Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr]] - ''génération de l'interface''
*[[Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, génération des cartes]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, templates size]] - ''paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, template include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Mise en œuvre==
===Sur la machine de développement===
====Initialisations====
;Génération des pages wikis:
<source lang="sh">
ExplorGenerAreaPages \
-g TitanToxFra \
-a TitanToxFraV2 \
-m \
-p Wicri/France \
-w wicri-france.fr \
-W Wicri/France \
-s Ncbi \
-t "Serveur d'exploration sur la toxicité du titane"

</source>
;Définition $EXPLOR_AREA:
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>
;Création des répertoires:
<source lang="sh">
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
</source>
;Récuparation des corpus:
<source lang="sh">
NlmPubMedGetCorpus -q ... -x -s1000 > $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
</source>
* PubMed Central :
(France[Affiliation]) AND titanium AND toxicity
* PubMed
((titanium) AND toxicity) AND France[Affiliation]
;Importation des paramètres de génération:
<source lang="sh">
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki
</source>
====Génération de la plateforme====
;Importation des paramètres de génération:
<source lang="sh">
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki
</source>
Si reprise
<source lang="sh">
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
</source>
<source lang="sh">
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
</source>
;Importation des paramètres de navigation:
<source lang="sh">
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki
</source>
;Génération de l'interface :
<source lang="sh">
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
</source>
===Sur la machine de développement===
;Définition $EXPLOR_AREA:
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>
;Génération ''ex nihilo'':
<source lang="sh">
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, data" \
> TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.data.wiki
</source>

Ensuite :
<source lang="sh">
WicriGetPage -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres, fr" \
> TitanToxFraV2/Import/WicriAreaParam.fr.wiki
</source>

<pre>
sh TitanToxFraV2/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaInit -l wicri-france.fr -p "Wicri:TitanToxFraV2/Paramètres" -d TitanToxFraV2
sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateData.sh
</pre>

<pre>
sh TitanToxFraV2/bin/AreaCreateSite.sh
</pre>
====Génération des FTP====
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar
rm Import.tar.gz
tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar
</source>

===Sur la machine cible===
Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible
<source lang="sh">
. ... Dilib/init.sh
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage/TitanToxFraV2.20161031
</source>
Si nouveau code générique :
<source lang="sh">
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/TitanToxFra.storage
</source>
Création du répertoire plateforme
<source lang="sh">
mkdir $EXPLOR_AREA
</source>
;Transfert par FileZilla:
Transférer les fichiers Site.tar.gz, Import.tar.gz, Data.tar.gz de TitanToxFraV2 (émetteur) vers TitanToxFraV2 (cible).
;Installation:
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar

gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
</source>

==Voir aussi==
Sur Wicri/Outils : [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm|Dilib, module Nlm]].

Wicri:TitanToxFraV2 - Historique des versions

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