LeHavreV1, Hal, Corpus, bibRecord, 000562

Intégration de données cliniques et omiques pour la recherche d'information dans le Dossier Patient Informatisé

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Intégration de données cliniques et omiques pour la recherche d'information dans le Dossier Patient Informatisé

Auteurs : Chloé Cabot ; Lina F. Soualmia ; Stéfan J. Darmoni

Source :

RBID : Hal:hal-01179292

English descriptors

mix :
- Dossier Patient Informatisé, Intégration de données, Médecine personnalisée., Stockage de données et Recherche d'Information.

Abstract

Nous décrivons dans cet article le modèle de données générique Information Retrieval for Omic and Clinical Sciences (IROmiCS) que nous proposons pour gérer les principaux types de données omiques (don-nées d'expression, de méthylation de l'ADN et variants génomiques). Nous décrivons également le langage de requêtes que nous avons développé qui repose sur le modèle IROmiCS et qui est dédié à l'interrogation des don-nées cliniques et omiques. Pour valider le modèle de données proposé, ainsi que le langage de requêtes associé, des données omiques expérimentales ont été intégrées dans ce modèle ainsi que des données de référence telle que les bases Gene du NCBI, Uniprot/Swissprot et la Gene Ontology. Plusieurs types de requêtes ciblant des données cliniques et des données omiques ont été réalisées sur les données intégrées. Une interface graphique facilite la visualisation des données intégrées par les cliniciens et les chercheurs. L'outil de recherche a permis de traiter des données symboliques, textuelles, numériques et chronologiques.

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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01179292

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Hal:hal-01179292

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            <idno type="stamp" n="LITIS">Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes</idno>
            <idno type="stamp" n="COMUE-NORMANDIE">Normandie Université</idno>
            <idno type="stamp" n="INSERM">INSERM - Institut national de la santé et de la recherche médicale</idno>
            <idno type="stamp" n="USPC">Université Sorbonne Paris Cité</idno>
            <idno type="stamp" n="LIMICS" p="UPMC">Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé</idno>
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          <notesStmt>            <note type="audience" n="3">National</note>
            <note type="invited" n="0">No</note>
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                    <surname>Darmoni</surname>
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              <monogr>                <meeting>                  <title>Journées Francophones d'Ingénierie des Connaissances - IC 2015</title>
                  <date type="start">2015-07-01</date>
                  <settlement>Rennes</settlement>
                  <country key="FR">France</country>
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                <editor>Collection AFIA</editor>
                <imprint></imprint>
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          <profileDesc>            <langUsage>              <language ident="fr">French</language>
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            <textClass>              <keywords scheme="author">                <term xml:lang="en">Dossier Patient Informatisé</term>
                <term xml:lang="en">Stockage de données et Recherche d'Information</term>
                <term xml:lang="en">Intégration de données</term>
                <term xml:lang="en">Médecine personnalisée.</term>
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              <classCode scheme="halDomain" n="info">Computer Science [cs]</classCode>
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            <abstract xml:lang="fr">Nous décrivons dans cet article le modèle de données générique Information Retrieval for Omic and Clinical Sciences (IROmiCS) que nous proposons pour gérer les principaux types de données omiques (don-nées d'expression, de méthylation de l'ADN et variants génomiques). Nous décrivons également le langage de requêtes que nous avons développé qui repose sur le modèle IROmiCS et qui est dédié à l'interrogation des don-nées cliniques et omiques. Pour valider le modèle de données proposé, ainsi que le langage de requêtes associé, des données omiques expérimentales ont été intégrées dans ce modèle ainsi que des données de référence telle que les bases Gene du NCBI, Uniprot/Swissprot et la Gene Ontology. Plusieurs types de requêtes ciblant des données cliniques et des données omiques ont été réalisées sur les données intégrées. Une interface graphique facilite la visualisation des données intégrées par les cliniciens et les chercheurs. L'outil de recherche a permis de traiter des données symboliques, textuelles, numériques et chronologiques.</abstract>
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Intégration de données cliniques et omiques pour la recherche d'information dans le Dossier Patient Informatisé

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