Wicri:LotaV3

Cette page introduit les aspects techniques de la version LotaV3 du « Serveur d'exploration Lota lota ».

Voir aussi :

• Wicri:LotaV3/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:LotaV3/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:LotaV3/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "query"
 IstexGenerAreaPages \
       -a LotaV3   \
       -m   \
       -g Lota   \
       -p Wicri/Eau   \
       -w wicri-eau.fr  \
       -W Wicri/Eau   \
       -s PascalFrancis   \
       -s Hal   \
       -s HalInra   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -z France   \
       -z UK   \
       -z USA   \
       -z Allemagne   \
       -t "Serveur d'exploration Lota lota"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/Lota.storage/LotaV3
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/Lota.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Récupération des corpus

ISTEX

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "lota OR burbot" -s 4000 -A \
     | IstexToSxml     \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

Vérification

HfdCat  $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

ISTEX, création du HFD Corpus Biblio

En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

lota OR burbot

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

lota OR burbot

Requête :

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml

PascalFrancis

Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :

Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt 

Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt 

Hal

Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/

HalInra

Sur : http://prodinra.inra.fr/

Génération de la plateforme

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l wicri-eau.fr -p "Wicri:LotaV3/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh

ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk

Importation des paramètres de navigation

WicriGetPage -l wicri-eau.fr -p "Wicri:LotaV3/Paramètres, fr"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki

Génération de l'interface 

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine Démo.Wicri

scp  $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Eau/explor/Lota.storage/LotaV3.new
scp  $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Chloroquine.storage/ChloroquineV1.new
scp  $ISTEX_PAR  ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Chloroquine.storage/ChloroquineV1.new

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/Lota.storage/LotaV3.20160128

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/Lota.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de LotaV3 (émetteur) vers LotaV3 (cible).

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd