imported>Jacques Ducloy : 1 révision importée

2020-11-19T15:54:18Z

1 révision importée

Nouvelle page

Cette page introduit les aspects techniques de la version [[Wicri:TreeMicInterV1|TreeMicInterV1]] du « [[Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme]] ».

Voir aussi :
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, corpus]] - ''création des corpus''
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, fr]] - ''paramètres de navigation''.
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, size]] - ''génération des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, maps]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Initialisation==
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande [[Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus|<code>NlmPubMedExplorCorpus</code>]] avec le script suivant :
<source>
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage

NlmPubMedExplorCorpus -d TreeMicInterV1 \
-q "(tree OR trees) AND (microbe OR microbic OR microbes) AND (interaction OR interactions OR interactivity OR interacts OR interactive)" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme"
</source>

==Installation==
===Installation des données sur LorExplor, initialisation===
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
:<code>$WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage</code>
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
</source>

===Génération à partir d'une machine locale===
A l'issue de la commande <code>NlmPubMedExplorCorpus</code>.
;Sur la machine locale:
<source lang="sh">
tar -cvf TreeMicInterV1.tar TreeMicInterV1
gzip TreeMicInterV1.tar

scp TreeMicInterV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
</source>

;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage

gunzip TreeMicInterV1.tar.gz
tar -xvf TreeMicInterV1.tar
gzip TreeMicInterV1.tar
</source>

===Définition des liens pour visibilité Web===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor
ln -s TreeMicInter.storage/TreeMicInterV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Bois/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInterV1 .
</source>

==Mise à jour==
===Définition EXPLOR_AREA===
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage/TreeMicInterV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>

===Chargement d'une nouvelle version des données===
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "(tree OR trees) AND (microbe OR microbic OR microbes) AND (interaction OR interactions OR interactivity OR interacts OR interactive)" -s 8000 -x > Import/pubmed_result.xml
</source>

===Restauration complète===
;Solution 1:

<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
</source>

;En pas à pas:
<source lang="sh">
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
</source>

===Installation de la nouvelle version===
;Sur la machine LorExplor:
<source lang="sh">
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
rm TreeMicInterV1.tar.gz
</source>
;Sur la machine de développement:
<source lang="sh">
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
rm TreeMicInterV1.tar.gz
tar -cvf TreeMicInterV1.tar TreeMicInterV1
gzip TreeMicInterV1.tar
scp TreeMicInterV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
</source>

==Voir aussi==
Cette page est générée à partir de
* [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus]]

Wicri:TreeMicInterV1 - Historique des versions

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