A random effects population dynamics model based on proportions-at-age and removal data for estimating total mortality
Identifieur interne : 005F04 ( Main/Exploration ); précédent : 005F03; suivant : 005F05A random effects population dynamics model based on proportions-at-age and removal data for estimating total mortality
Auteurs : Verena M. Trenkel [France] ; Mark V. Bravington [Australie] ; Pascal Lorance [France]Source :
- Canadian journal of fisheries and aquatic sciences : (Print) [ 0706-652X ] ; 2012.
Descripteurs français
- Pascal (Inist)
- Wicri :
- topic : Mortalité, Milieu aquatique.
English descriptors
Abstract
Les courbes des captures sont largement utilisées pour estimer la mortalité totale des populations marines exploitées. Le modèle de dynamique de population habituel suppose un recrutement et une mortalité totale constants au cours des années. Nous développons ce modèle pour y inclure un recrutement et une mortalité totale variables entre années. Le recrutement est traité comme un effet aléatoire non corrélé tandis que la mortalité totale est traitée comme une marche aléatoire. Les besoins en données sont minimaux car seules les proprotions aux âges et les captures totales sont nécessaires. La taille effective de l'échantillon des données agrégées de proportion aux âges est obtenue en ajustant une distribution Dirichlet-multinomiale aux données brutes d'échantillonnage. L'estimation des paramètres est réalisées par vraisemblance. Des simulations ont été utilisées pour étudier l'estimabilité des paramètres et les biais d'estimation de quatre versions du modèle, dont des modèles traitant la mortalité comme des effets fixes et des modèles avec hypothèses fausses. Toutes les versions du modèle étaient en général estimables sauf pour certaines valeurs de paramètres ou certaines réalisations. Les biais relatif de l'estimation de la mortalité totale de la dernière année et du taux de réduction de la population étaient plus faibles pour le modèle à effet aléatoire proposé que pour les versions à effets fixes pour la mortalité totale. Une application du modèle à la lingue bleue (Molva dypterygia) de l'Ouest des Îles Britanniques pour la période de 1988 à 2011 est présentée.
Affiliations:
Links toward previous steps (curation, corpus...)
- to stream PascalFrancis, to step Corpus: 000C77
- to stream PascalFrancis, to step Curation: 005187
- to stream PascalFrancis, to step Checkpoint: 001399
- to stream Main, to step Merge: 006234
- to stream Main, to step Curation: 005F04
Le document en format XML
<record><TEI><teiHeader><fileDesc><titleStmt><title xml:lang="en" level="a">A random effects population dynamics model based on proportions-at-age and removal data for estimating total mortality</title><author><name sortKey="Trenkel, Verena M" sort="Trenkel, Verena M" uniqKey="Trenkel V" first="Verena M." last="Trenkel">Verena M. Trenkel</name><affiliation wicri:level="1"><inist:fA14 i1="01"><s1>Ifremer, rue de l'Île d'Yeu, BP 21105</s1><s2>44311 Nantes</s2><s3>FRA</s3><sZ>1 aut.</sZ><sZ>3 aut.</sZ></inist:fA14><country>France</country><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion><wicri:noRegion>21105</wicri:noRegion><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion></affiliation></author><author><name sortKey="Bravington, Mark V" sort="Bravington, Mark V" uniqKey="Bravington M" first="Mark V." last="Bravington">Mark V. Bravington</name><affiliation wicri:level="1"><inist:fA14 i1="02"><s1>CSIRO, GPO Box 1538</s1><s2>Hobart, Tasmania</s2><s3>AUS</s3><sZ>2 aut.</sZ></inist:fA14><country>Australie</country><wicri:noRegion>Hobart, Tasmania</wicri:noRegion></affiliation></author><author><name sortKey="Lorance, Pascal" sort="Lorance, Pascal" uniqKey="Lorance P" first="Pascal" last="Lorance">Pascal Lorance</name><affiliation wicri:level="1"><inist:fA14 i1="01"><s1>Ifremer, rue de l'Île d'Yeu, BP 21105</s1><s2>44311 Nantes</s2><s3>FRA</s3><sZ>1 aut.</sZ><sZ>3 aut.</sZ></inist:fA14><country>France</country><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion><wicri:noRegion>21105</wicri:noRegion><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion></affiliation></author></titleStmt><publicationStmt><idno type="wicri:source">INIST</idno><idno type="inist">13-0065656</idno><date when="2012">2012</date><idno type="stanalyst">PASCAL 13-0065656 INIST</idno><idno type="RBID">Pascal:13-0065656</idno><idno type="wicri:Area/PascalFrancis/Corpus">000C77</idno><idno type="wicri:Area/PascalFrancis/Curation">005187</idno><idno type="wicri:Area/PascalFrancis/Checkpoint">001399</idno><idno type="wicri:explorRef" wicri:stream="PascalFrancis" wicri:step="Checkpoint">001399</idno><idno type="wicri:doubleKey">0706-652X:2012:Trenkel V:a:random:effects</idno><idno type="wicri:Area/Main/Merge">006234</idno><idno type="wicri:Area/Main/Curation">005F04</idno><idno type="wicri:Area/Main/Exploration">005F04</idno></publicationStmt><sourceDesc><biblStruct><analytic><title xml:lang="en" level="a">A random effects population dynamics model based on proportions-at-age and removal data for estimating total mortality</title><author><name sortKey="Trenkel, Verena M" sort="Trenkel, Verena M" uniqKey="Trenkel V" first="Verena M." last="Trenkel">Verena M. Trenkel</name><affiliation wicri:level="3"><inist:fA14 i1="01"><s1>Ifremer, rue de l'Île d'Yeu, BP 21105</s1><s2>44311 Nantes</s2><s3>FRA</s3><sZ>1 aut.</sZ><sZ>3 aut.</sZ></inist:fA14><country>France</country><placeName><region type="region" nuts="2">Pays de la Loire</region><settlement type="city">Nantes</settlement></placeName></affiliation></author><author><name sortKey="Bravington, Mark V" sort="Bravington, Mark V" uniqKey="Bravington M" first="Mark V." last="Bravington">Mark V. Bravington</name><affiliation wicri:level="1"><inist:fA14 i1="02"><s1>CSIRO, GPO Box 1538</s1><s2>Hobart, Tasmania</s2><s3>AUS</s3><sZ>2 aut.</sZ></inist:fA14><country>Australie</country><wicri:noRegion>Hobart, Tasmania</wicri:noRegion></affiliation></author><author><name sortKey="Lorance, Pascal" sort="Lorance, Pascal" uniqKey="Lorance P" first="Pascal" last="Lorance">Pascal Lorance</name><affiliation wicri:level="1"><inist:fA14 i1="01"><s1>Ifremer, rue de l'Île d'Yeu, BP 21105</s1><s2>44311 Nantes</s2><s3>FRA</s3><sZ>1 aut.</sZ><sZ>3 aut.</sZ></inist:fA14><country>France</country><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion><wicri:noRegion>21105</wicri:noRegion><wicri:noRegion>44311 Nantes</wicri:noRegion></affiliation></author></analytic><series><title level="j" type="main">Canadian journal of fisheries and aquatic sciences : (Print)</title><title level="j" type="abbreviated">Can. j. fish. aquat. sci. : (Print)</title><idno type="ISSN">0706-652X</idno><imprint><date when="2012">2012</date></imprint></series></biblStruct></sourceDesc><seriesStmt><title level="j" type="main">Canadian journal of fisheries and aquatic sciences : (Print)</title><title level="j" type="abbreviated">Can. j. fish. aquat. sci. : (Print)</title><idno type="ISSN">0706-652X</idno></seriesStmt></fileDesc><profileDesc><textClass><keywords scheme="KwdEn" xml:lang="en"><term>Age</term><term>Aquatic environment</term><term>Dynamic model</term><term>Mortality</term><term>Population dynamics</term><term>Random effect</term></keywords><keywords scheme="Pascal" xml:lang="fr"><term>Effet aléatoire</term><term>Dynamique population</term><term>Modèle dynamique</term><term>Age</term><term>Mortalité</term><term>Milieu aquatique</term></keywords><keywords scheme="Wicri" type="topic" xml:lang="fr"><term>Mortalité</term><term>Milieu aquatique</term></keywords></textClass></profileDesc></teiHeader><front><div type="abstract" xml:lang="fr">Les courbes des captures sont largement utilisées pour estimer la mortalité totale des populations marines exploitées. Le modèle de dynamique de population habituel suppose un recrutement et une mortalité totale constants au cours des années. Nous développons ce modèle pour y inclure un recrutement et une mortalité totale variables entre années. Le recrutement est traité comme un effet aléatoire non corrélé tandis que la mortalité totale est traitée comme une marche aléatoire. Les besoins en données sont minimaux car seules les proprotions aux âges et les captures totales sont nécessaires. La taille effective de l'échantillon des données agrégées de proportion aux âges est obtenue en ajustant une distribution Dirichlet-multinomiale aux données brutes d'échantillonnage. L'estimation des paramètres est réalisées par vraisemblance. Des simulations ont été utilisées pour étudier l'estimabilité des paramètres et les biais d'estimation de quatre versions du modèle, dont des modèles traitant la mortalité comme des effets fixes et des modèles avec hypothèses fausses. Toutes les versions du modèle étaient en général estimables sauf pour certaines valeurs de paramètres ou certaines réalisations. Les biais relatif de l'estimation de la mortalité totale de la dernière année et du taux de réduction de la population étaient plus faibles pour le modèle à effet aléatoire proposé que pour les versions à effets fixes pour la mortalité totale. Une application du modèle à la lingue bleue (Molva dypterygia) de l'Ouest des Îles Britanniques pour la période de 1988 à 2011 est présentée.</div></front></TEI><affiliations><list><country><li>Australie</li><li>France</li></country><region><li>Pays de la Loire</li></region><settlement><li>Nantes</li></settlement></list><tree><country name="France"><region name="Pays de la Loire"><name sortKey="Trenkel, Verena M" sort="Trenkel, Verena M" uniqKey="Trenkel V" first="Verena M." last="Trenkel">Verena M. Trenkel</name></region><name sortKey="Lorance, Pascal" sort="Lorance, Pascal" uniqKey="Lorance P" first="Pascal" last="Lorance">Pascal Lorance</name></country><country name="Australie"><noRegion><name sortKey="Bravington, Mark V" sort="Bravington, Mark V" uniqKey="Bravington M" first="Mark V." last="Bravington">Mark V. Bravington</name></noRegion></country></tree></affiliations></record>Pour manipuler ce document sous Unix (Dilib)
EXPLOR_STEP=$WICRI_ROOT/Wicri/Asie/explor/AustralieFrV1/Data/Main/Exploration
HfdSelect -h $EXPLOR_STEP/biblio.hfd -nk 005F04 | SxmlIndent | more
Ou
HfdSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd -nk 005F04 | SxmlIndent | more
Pour mettre un lien sur cette page dans le réseau Wicri
{{Explor lien
|wiki= Wicri/Asie
|area= AustralieFrV1
|flux= Main
|étape= Exploration
|type= RBID
|clé= Pascal:13-0065656
|texte= A random effects population dynamics model based on proportions-at-age and removal data for estimating total mortality
}}
| This area was generated with Dilib version V0.6.33. |  |