Wicri:TerroirV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version TerroirV1 du « Serveur d'exploration sur les terroirs ».

Voir aussi :

• Wicri:TerroirV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:TerroirV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:TerroirV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
• Wicri:TerroirV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:TerroirV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "terroir*"
 IstexGenerAreaPages \
       -a TerroirV1   \
       -m   \
       -g Terroir   \
       -p Agronomie   \
       -w wic-agronomie.fr  \
       -W Wicri/Agronomie   \
       -s PascalFrancis   \
       -s Hal               \
       -s HalInra   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -q "terroir*"  \
       -t "Serveur d'exploration sur les terroirs"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Sur la machine LorExplor

newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.corpus

Construction du Repository ISTEX

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "terroir*" -s 3000    -l          \
     | IstexGetCorpusById -A  \
     | SxmlUnIndent                           \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

Vérification

HfdCat  $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

Construction des métadonnées ISTEX

ISTEX, création du HFD Corpus Biblio

En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus  -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

terroir*

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

PascalFrancis

Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :

terroir*

Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt 

Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt

Hal

Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/

HalInra

Sur : http://prodinra.inra.fr/

PRD_201801240956274124990144751849034575.xml (terroirs -> 95)

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Agronomie/corpus/Terroir.storage/TerroirV1.20180123

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Agronomie/corpus/Terroir.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd