Jacques Ducloy : /* Transfert vers la machine LorExplor */

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Cette page introduit les aspects techniques de la version [[Wicri:TerroirV1|TerroirV1]] du « [[Serveur d'exploration sur les terroirs]] ».

Voir aussi :
*[[Wicri:TerroirV1/Paramètres, data]] - ''génération des données''
*[[Wicri:TerroirV1/Paramètres, fr]] - ''génération de l'interface''
*[[Wicri:TerroirV1/Paramètres, génération des cartes]] - ''génération de cartes géographiques''
*[[Wicri:TerroirV1/Paramètres, templates size]] - ''paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques''
*[[Wicri:TerroirV1/Paramètres, template include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
==Mise en œuvre==
===Sur la machine de développement===
====Initialisations====
;Génération des pages wikis:
<source lang="sh">
source IstexGetCorpusSize -q "terroir*"
IstexGenerAreaPages \
-a TerroirV1 \
-m \
-g Terroir \
-p Agronomie \
-w wic-agronomie.fr \
-W Wicri/Agronomie \
-s PascalFrancis \
-s Hal \
-s HalInra \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-q "terroir*" \
-t "Serveur d'exploration sur les terroirs"

</source>
;Définition $EXPLOR_AREA:
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>
;Création des répertoires:
<source lang="sh">
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
</source>

===Sur la machine LorExplor===
<source lang="sh">
newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
</source>
;Définition $EXPLOR_AREA:
<source lang="sh">
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
</source>
;Création des répertoires:
<source lang="sh">
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1
mkdir $WICRI_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.corpus
</source>
====Construction du Repository ISTEX====
''En cas de reprise au niveau du téléchargement''
<source lang="sh">
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

</source>
<source lang="sh">
IstexGetCorpus -q "terroir*" -s 3000 -l \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

</source>
Vérification
<source lang="sh">
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

</source>
====Construction des métadonnées ISTEX====
;ISTEX, création du HFD Corpus Biblio:En cas de reprise:
<source lang="sh">
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

</source>
;Construction corpus biblio:
<source lang="sh">
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd \
| SgmlFast -c1 \
| IstexToTei \
| IstexCleanFullText \
| TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
| HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

</source>
====Téléchargement des autres corpus====
;PubMed:
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :
terroir*

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
;PubMed Central:
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
;PascalFrancis:
Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :
terroir*
Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF
*résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF
*résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt
;Hal:
Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/
;HalInra:
Sur : http://prodinra.inra.fr/
PRD_201801240956274124990144751849034575.xml (terroirs -> 95)

====Génération des FTP====
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar
</source>
===Transfert vers la machine LorExplor===
<source lang="sh">

scp Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
</source>

===Sur la machine cible===
Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible
<source lang="sh">
. ... Dilib/init.sh
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Agronomie/corpus/Terroir.storage/TerroirV1.20180123
</source>
Si nouveau code générique :
<source lang="sh">
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Agronomie/corpus/Terroir.storage
</source>
Création du répertoire plateforme
<source lang="sh">
mkdir $EXPLOR_AREA
</source>
;Installation:
<source lang="sh">
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar

gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
</source>
<source lang="sh">

gunzip ImportMetadata.tar.gz
tar -xvf ImportMetadata.tar
gzip ImportMetadata.tar

cd Data/Istex/Corpus
rm biblio.hcs
rm biblio.hfd
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd
</source>

@@ Ligne 140 : / Ligne 140 : @@
 <source lang="sh">
-scp Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
+scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
 scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new
 scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Agronomie/explor/Terroir.storage/TerroirV1.new

Wicri:TerroirV1 - Historique des versions

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